          GROMACS分子动力学仿真培训

GROMACS基础
1. 1 分子模拟入门理论——对分子动力学模拟原理游刃有余
2. 1.1 基本假设
3. 1.2 主要算法介绍：速下降法、共轭梯度法
4. 1.3 积分步长的选取
5. 1.4 温度和压力控制
6. 1.5 周期性边界条件
7. 1.6 分子动力学模拟流程
GROMACS入门操作
1. 2 GROMACS入门操作基础
2. 2.1 Linux命令入门基础——熟练掌握GROMACS所用的Linux命令
3. 2.2 GROMACS的win版linux版编译安装——学会编译方法，针对自己体系编译软件
4. 2.3 GROMACS涉及的各种输入输出文件参数介绍
5. 2.4 GROMACS力场介绍——深度探究力场具体形式，为以后创建自己体系做准备OPLS为例，力场的各种参数说明
6. 3 GROMACS建模——掌握基本操作流程——使学员具有扎实的技术基础
7. 3.1 Packmol，GaussView，vmd等建模软件的使用
8. 3.2 建立各种体系模型:混合模型、界面模型、球体模型等
9. 3.3 小分子各种力场TOP文件的建立，x2top, prodrg, ATB,itp, top的结构以及参数说明
10. 3.4 建立均相、多相体系
11. 3.5 如何修改力场参数
GROMACS建模计算
1. 4 GROMACS计算实例——熟练掌握GROMACS计算一整套流程
2. 4.1 纯相、多相混合体系模拟计算冰、水、甲烷等、超临界二氧化碳等乙醇等极性溶剂石油化工领域等、聚合物分子等
3. 4.2 界面模拟计算气液界面、固液界面、油水界面表面活性剂的界面模拟
4. 4.3 物理场下的模拟计算静电场、微波场、高斯脉冲场
5. 4.4 石墨烯、纳米管的模拟
6. 5 使用AmberTools建立分子GAFF力场（力场的精确构建方法）
GROMACS初级数据分析
1. 6 GROMACS数据分析
2. 6.1 GROMACS分析工具运用径向分布函数（RDF）/ 离子配位数 / 扩散系数 / 介电常数
3. 6.2 各种能量性质计算各个方向密度、压力、表面张力、势能
4. 6.3 氢键相关性质计算平均氢键个数 / 平均氢键寿命 / 氢键自相关函数
5. 6.4 结构分布、四面体参数
6. 6.5 计算键角和二面角的分布用make_ndx建立索引
7. 6.6 计算二维的平面或轴径向密度
8. 6.7 空间分布函数的绘制
复杂体系建模分析
1. 7 蛋白体系、生物大分子建模仿真
2. 8 复杂体系建模仿真：蛋白配体复合物
3. 9 伞形采样——计算结合自由能
4. 10 使用g_MMPBSA计算结合自由能
5. 10.1 编译安装APBS、g_mmpbsa
6. 10.2 通过g_mmpbsa计算分子间结合自由能
7. 11 表面活性剂构建和模拟
8. 12 生物膜构建和模拟
9. 13 固/晶体建模仿真
数据分析
1. 14 GROMACS高级分析工具运用
2. RMSD分析 / 抽取性质数据 / 计算回转半径 / 计算平均结构等轨迹的处理: trajconv、g_traj (重点，为以后写代码分析提供支持)
3. 15 分析轨迹代码编写
4. bash脚本/ python脚本
专题剖析讲解
1. 专题一：非标准残基力场构建
2. rtp文件构建方法掌握atp文件书写方法非标准氨基酸top文件构建
3. 专题二：高分子聚合物的TOP文件构建
4. 构建高分子聚合物结构高分子单元rtp文件构建
5. 专题三：粗粒化模型建立